無菌室車間應采光良好、避免潮濕、遠離廁所及污染區。面積一般不超過10m2，不小于5m2；高度不超過2.4m。由1—2個緩沖間、操作間組成（操作間和緩沖間的門不應直對），操作間和緩沖間之間應具備滅菌功能的樣品傳遞箱。在緩沖間內應有洗手盆、毛巾、無菌衣褲放置架及掛鉤、拖鞋等，不應放置培養箱和其他雜物；無菌室內應六面光滑平整，能耐受清洗消毒。墻壁與地面、天花板連接處應呈凹弧形，無縫隙，不留死角。操作間內不應安裝下水道。

　　無菌操作室應具有空氣除菌過濾的單向流空氣裝置，操作區潔凈度100級或放置同等級別的超凈工作臺，室內溫度控制18—26℃，相對濕度45%—65%。緩沖間及操作室內均應設置能達到空氣消毒效果的紫外燈或其他適宜的消毒裝置，空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于5Pa，無塵車間（區）與室外大氣的靜壓差大于10Pa。無菌室內的照明燈應嵌裝在天花板內，室內光照應分布均勻，光照度不低于300lx。緩沖間和操作間所設置的紫外線殺菌燈（2—2.5w/m3），應定期檢查輻射強度，要求在操作面上達40uw/m2。不符合要求的紫外殺菌燈應及時更換。

　　無菌室車間在消毒處理后，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數，以此來判斷無菌室是否達到規定的潔凈度，常有沉降菌和浮游菌測定方法。

　　（1）沉降菌檢測方法及標準：以無菌方式將3個營養瓊脂平板帶入無菌操作室，在操作區臺面左、中、右各放1個；打開平板蓋，在空氣中暴露30min后將平板蓋好，置32.5℃士2.5℃培養48h，取出檢查，3個平板上生長的菌落數平均小于1個。

　　（2）浮游菌檢測方法及標準：用專門的采樣器，宜采用撞擊法機制的采樣器，一般采用狹縫式或離心式采樣器，并配有流量計和定時器，嚴格按儀器說明書的要求操作并定時校檢，采樣器和培養皿進入被測房間前先用消毒房間的消毒劑滅菌，使用的培養基為營養瓊脂培養基或藥典認可的其他培養基。使用時，先開動真空泵抽氣，時間不少于5min，調節流量、轉盤、轉速。關閉真空泵，放入培養皿，蓋上采樣器蓋子后調節縫隙高度。置采樣口采樣點后，依次開啟采樣器、真空泵，轉動定時器，根據采樣量設定采樣時間。全部采樣結束后，將培養皿置32.5℃士2.5培養48h，取出檢查，浮游菌落數平均不得超過5個/m3。

　　每批培養基應選定3只培養皿做對照培養。

　　無菌操作臺面或超凈工作臺還應定期檢測其懸浮粒子，應達到100級（一般用塵埃粒子計數儀）檢測，并根據無菌狀況必要時置換過濾器。